Sebastian Beckedorf wurde in Hamburg geboren und studierte nach seinem Abitur zunächst Musikwissenschaften an der Universität seiner Heimatstadt. Nach zwei Jahren wechselte er an die Hochschule für Musik und Theater Rostock, wo er sein Studium in den Fächern Klavier und Orchesterdirigieren aufnahm und 2004 mit dem Erwerb des Diploms abschloss. Anschließend folgten einige Engagements als Solorepetitor, bevor er 2009 stellvertretender Generalmusikdirektor und 1. Kapellmeister am Staatstheater Braunschweig wurde. Nach fünf Jahren wechselte er 2014 in gleicher Position an das Mainfranken Theater Würzburg.

Als Gastdirigent wurde er mehrfach an das Königliche Opernhaus Stockholm eingeladen, außerdem gastierte er in Mexico mit dem Mexico City Philharmonic Orchestra (OFCM). Er dirigierte unter anderem die Norddeutsche Philharmonie Rostock, das Orchester des Theaters für Niedersachsen, das Philharmonische Orchester Vorpommern, das Orchester des Theaters Regensburg, das Bachorchester Lüneburg und das Concertino-Ensemble Rostock. Seit 2020 leitet er das Albert Schweitzer Jugendorchester. Zudem ist er Musiklehrer am Albert-Schweitzer-Gymnasium und fördert dort den Nachwuchs des ASJ.